专利纠纷案件根据本身性质，可以分为三大类，
1、当事人不服专利局及其专利复审委员会处理决定的专利行政案件;
2、当事人之间的争议引起的民事诉讼，而专利权属纠纷、专利侵权纠纷、专利合同纠纷;
3、专利刑事案件，如假冒他人专利。
针对当事人之间的争议引起的纠纷，通常由被告所在省，自治区，直辖市人民政府所在地或经济特区的中级人民法院管辖，作为第一审法院。或者有侵权行为所在的省自治区，直辖市人民政府所在地的中级人民法院，或经济特区的中级人民法院管辖。
对于此类案件，不同的省市自治区或经济特区，也会有不同的规定，例如在广东省，深圳市以外的的专利案件，统一由广州知识产权法院管辖。对于第三类专利犯罪案件，由犯罪地的人民法院管辖。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第2条第1款规定：“专利纠纷案件由知识产权法院、最高人民法院确定的中级人民法院和基层人民法院管辖。”
知识产权法院是由十二届全国人大常委会第十次会议决定建立的审判机构，设立在北京、上海和广州。
因侵犯专利权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。
住所地人民法院应当是最高人民法院确定的中级人民法院和基层人民法院。
